Tras la petición del Consejo y el Parlamento Europeo, la Comisión ha adoptado el 24 de junio 2009 un paquete legislativo que propone la creación de una Agencia para la gestión operativa a largo plazo del Sistema de Información Schengen (SIS II), del Sistema de Información de Visados (VIS), de EURODAC así como otros sistemas informáticos a gran escala que habrán de operar en el espacio de libertad, seguridad y justicia.

El paquete legislativo aprobado por la Comisión se compone de un Reglamento mediante el cual se crea la Agencia, una decisión y una comunicación horizontal que proporcionará una rápida visión general de las propuestas legislativas. La Agencia será creada con la forma de un organismo regulador, un organismo europeo independiente. La Comisión y los Estados participantes estarán representados en el Consejo de Administración, que será el órgano rector del Organismo, y la Agencia contará con la asistencia de grupos de asesoramiento integrado por expertos nacionales.
 
La misión principal de la Agencia sería la de cumplir las tareas de gestión operativa del Sistema de Información de Schengen (SIS II), el Sistema de Información de Visados (VIS) y el sistema EURODAC, así como del mantenimiento de los sistemas de funcionamiento 24 horas al día, siete días a la semana. Además de estas actividades operativas, la Agencia también se encargará de adoptar las medidas de seguridad necesarias, la presentación de informes, publicación de estadísticas, control de la investigación, así como aspectos relacionados con formación e información relativos a los sistemas SIS II y VIS. Con ello se garantizará la seguridad de los datos y su integridad, así como el cumplimiento de las normas de protección de datos.

Esta Agencia especializada podrán obtener importantes sinergias y economías de escala en los tres sistemas de TI existentes, que serán alojados en un solo lugar, bajo una gestión común. Como centro de excelencia, la Agencia tendrá la posibilidad de encargarse de la elaboración de nuevos sistemas de TI en el espacio de libertad, seguridad y justicia.
 
La Agencia debería ser operativa a partir del 2012 y estar en condiciones de hacerse cargo de tareas relacionadas con la gestión operativa del SIS II, VIS y EURODAC.