Según una sentencia dictada por el Tribunal de Justicia de la Unión Europea el 17 de marzo de 2011, el Reglamento que prohibió a los atuneros pescar atún rojo a partir de mediados de junio de 2008, vulnera el principio de no discriminación en la medida en que la prohibición surtió efecto en diferentes fechas para los pesqueros bajo pabellón de diferentes procedencias.

Dada la situación de sobrepesca del atún rojo en ciertas zonas del Atlántico oriental y del Mediterráneo, el 12 de junio de 2008 la Comisión adoptó un Reglamento que prohibía la pesca de atún rojo en el Atlántico oriental y en el Mediterráneo por parte de los atuneros cerqueros que enarbolasen pabellón de Grecia, Francia, Italia, Chipre y Malta, a partir del 16 de junio de 2008, y a los atuneros que enarbolasen pabellón de España a partir del 23 de junio de 2008. Igualmente, el Reglamento prohibía a los agentes económicos comunitarios que aceptasen desembarcar, enjaular con fines de engorde o de cría así como transbordar en aguas o puertos comunitarios atunes rojos capturados por los cerqueros en dichas zonas a partir de las mismas fechas.

El origen del caso se encuentra en la demanda interpuesta por una sociedad maltesa dedicada a la cría y engorde de atunes rojos, en la que esta sociedad sostenía que al no poder adquirir la cantidad de atún rojo que había acordado a los pescadores franceses e italianos antes de la apertura de la temporada de pesca, le correspondía obtener una indemnización por ello. Al considerar que la solución del litigio dependía de la validez del Reglamento, el tribunal maltés interrogó al Tribunal de Justicia sobre esta cuestión.

En la Sentencia del Caso 221/09 del Tribunal de Justicia de la UE, éste declara en primer lugar, que el Reglamento de base no es nulo en la medida en la que el procedimiento de adopción de las medidas de urgencia, no establece que se recojan las observaciones de los agentes económicos a los que puedan afectar dichas medidas. El Tribunal de Justicia recuerda que el derecho de toda persona a ser oída antes de que se tome una medida individual que le afecte desfavorablemente sólo se aplica a los actos individuales y no a un acto de alcance general como el Reglamento de base.

A continuación, el Tribunal de Justicia declara que el Reglamento no incumple la obligación de motivación y no vulnera el principio de protección de la confianza legítima o el principio de proporcionalidad. No obstante, el Tribunal de Justicia considera que el Reglamento vulnera el principio de no discriminación en la medida en que las prohibiciones que establece surtieron efecto a partir de diferentes fechas según el pabellón de las embarcaciones afectadas. En este contexto, el Tribunal de Justicia señala que la prohibición de pesca de atún rojo no estaba basada en el agotamiento de la cuota asignada a un Estado miembro sino en el riesgo de agotamiento de las poblaciones de atún rojo.

El Tribunal de Justicia concluye que el Reglamento es nulo en la medida en que trata de manera diferente a los atuneros españoles en relación con los demás atuneros sin que esta diferencia de trato esté objetivamente justificada, a la luz del objetivo perseguido que era la protección de la población de atún rojo.