El Reglamento establece para el período 2007-2013 un nuevo Fondo Europeo de Pesca (FEP) fijando sus ejes y objetivos prioritarios y definiendo las competencias y el marco financiero. Asimismo, el Reglamento establece los procedimientos de programación, gestión, seguimiento y control del FEP. El nuevo fondo prevé ayuda financiera para facilitar la aplicación de la última reforma de la política pesquera común (PPC) y apoyar las reestructuraciones necesarias debidas a la evolución del sector.

• Medidas en favor de la adaptación de la flota pesquera comunitaria: se ofrecerá ayuda financiera a los pescadores y propietarios de barcos de pesca afectados por las medidas de lucha contra la sobreexplotación de los recursos o de protección de la salud pública, de retirada temporal o permanente de barcos de pesca, y de formación, reconversión o jubilación anticipada de los pescadores. Aparte de los destinados al desguace, los buques retirados permanentemente pueden reasignarse a actividades distintas de la pesca o a la creación de arrecifes artificiales. El FEP puede contribuir a mejorar las condiciones laborales, la calidad de los productos, el rendimiento energético y la selectividad de las capturas. Asimismo, puede participar en la financiación de la sustitución de motores, las indemnizaciones no renovables a los pescadores en paro debido a la paralización definitiva de las actividades de pesca y las primas para jóvenes pescadores que quieran comprar su primer barco de pesca. Sin embargo, las ayudas financieras no pueden suponer en ningún caso un aumento de la capacidad de captura o de la potencia del motor del buque.
• Acuicultura, pesca en aguas interiores, transformación y comercialización: el FEP favorecerá la adquisición y utilización de equipamientos y técnicas encaminadas a reducir el impacto medioambiental de la producción, mejorar las condiciones higiénicas, la salud humana y animal, y la calidad de los productos. Aunque hay algunas grandes empresas que pueden obtener ayudas, éstas se destinan prioritariamente a las microempresas y las pequeñas y medianas empresas.
• Medidas colectivas: podrán optar a las ayudas los proyectos que contribuyan al desarrollo sostenible o la conservación de recursos, a la mejora de los servicios ofrecidos por los puertos pesqueros, al refuerzo de los mercados de productos pesqueros o al fomento de la colaboración entre científicos y profesionales del sector pesquero.
• Desarrollo sostenible de las zonas costeras dedicadas a la pesca: el FEP apoyará las medidas e iniciativas encaminadas a diversificar y potenciar el desarrollo económico en las zonas afectadas por la decadencia de las actividades de pesca.
• Asistencia técnica: el Fondo puede financiar las medidas de preparación, seguimiento, apoyo administrativo y técnico, evaluación, auditoría y supervisión necesarias para la aplicación del Reglamento propuesto.

La financiación de la UE provisional disponible para este programa es:

• 3.849,00 Millones EUR (Presupuesto global)